واحد نرم‌افزار شرکت عامل سیستم در سال 1384 با هدف ارائه نرم‌افزارهای تخصصی و حرفه‌ای وب و ویندوز فعالیت خود را آغاز نمود. ارائه خدمات آموزش،‌ استقرار و پشتیبانی راهکارهای نرم‌افزاری،‌ توانمندسازی سازمان‌ها در بهبود و بهینه‌سازی فرآیندهای کسب‌وکار از مهم‌ترین اهداف و مأموریت‌های این واحد از شرکت می‌باشد.
عمده فعالیت و تولیدات این شرکت به‌صورت تخصصی در حوزه‌های نرم‌افزارهای مدیریت مالی – اعتباری سازمان‌ها، حسابداری، حقوق و دستمزد و نرم‌افزار یکپارچه مدیریت مالی – اداری خزانه‌های معین استان‌ها می‌باشد.
از تولیدات دیگر این شرکت طراحی و پیاده‌سازی پورتال‌های سازمانی مبتنی بر CMS طراحی شده توسط متخصصین شرکت عامل سیستم می‌باشد.
از تجارب شرکت می‌توان به تولید و پشتیبانی سیستم‌های مدیریت ارتباط با شهروندان (شهرداری‌ها)، مدیریت ارتباط با مشتریان (شرکت گاز) و مدیریت مکاتبات شورای شهر اشاره کرد.
تولید نرم‌افزار مدیریت تجهیزات سخت‌افزاری و درخواست‌های کاربران و نرم‌افزار دریافت آنلاین فیش حقوقی و مدیریت درخواست‌های پرسنل از جمله فعالیت‌های اخیر این شرکت می‌باشد.